Трошев служил в танковых войсках 10-й гвардейской танковой Уральско-Львовской добровольческой дивизии имени Малиновского. С 1994 года являлся командиром 42-го Владикавказского армейского корпуса в Северо-Кавказском военном округе. Затем стал командующим 58-й армией Северо-Кавказского военного округа.
Во время Первой чеченской войны Геннадий Трошев занимал пост командующего Объединенной группировкой войск Министерства обороны Российской Федерации в Чечне. В 1995 году присвоено звание генерал-лейтенант. В этом же году стал Командующий российскими войсками в ходе боевых действий в Чечне и Дагестане. В 1997 году назначен заместителем командующего Северо-Кавказским военным округом.
В августе 1999 года генерал- лейтенант Трошев возглавил группировку федеральных сил, отражавшую нападение боевиков на Дагестан. С началом Второй чеченской войны являлся командующим группировкой «Восток» Объединенных федеральных сил на Северном Кавказе. С января 2000 года занял должность первого заместителя командующего, а позднее командующего Объединенной группировкой федеральных сил на Северном Кавказе. В этом же году получил очередное звание генерал-полковника. Впоследствии являлся командующим войсками Северо-Кавказского военного округа СКВО.
В декабре 2002 года назначен на должность командующего войсками Сибирского военного округа, но публично отказался от этого назначения, после чего был уволен в запас.
С 2003 по 2008 год являлся Советником Президента Российской Федерации.
Действительный государственный советник РФ 2 класса.
Генерал-полковник Геннадий Николаевич Трошев погиб в авиакатастрофе самолета Боинг-737-500 авиакомпании «Аэрофлот-Норд» в черте города Пермь 14 сентября 2008 года. Похоронен на кладбище «Северное» в городе Краснодар.
Герой Российской Федерации.
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени.
Орден «За военные заслуги».
Орден Дружбы народов.
Орден «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» III степени.
Орден Леона.
Орден имени Ахмата Кадырова.
Почетный гражданин городов Прохладного, Нальчика, Махачкалы, Шали
Улицы именем Трошева названы в Грозном, Краснодаре, Смоленске.
Именем Трошева назван 1-й Дагестанский кадетский корпус.
На территории Троицкого округа Москвы в поселке Благодать поселения Филимонковское в честь генерала Трошева названа улица.
На Кубани именем генерала Трошева назвали Кропоткинский казачий кадетский корпус.
В Волгоградской области именем Трошева назван Алексеевский казачий кадетский корпус.
Именем Трошева назвали среднюю школу в Нальчике, в которой он учился с 1958 по 1965 годы.
На фасаде здания штаба Северо-Кавказского военного округа в Ростове-на-Дону установлена мемориальная доска Трошеву.
Некоммерческий фонд содействия развитию спорта и культуры «Дружбы народов Северного Кавказа» имени Героя России генерал-полковника Геннадия Николаевича Трошева.
Именем Трошева назван большой океанский морозильный траулер в Приморье, оснащенный современным технологическим оборудованием
В поселке Чернышевский Республики Саха кадетская школа-интернат имени Трошева.
МБОУ СОШ 98 города Краснодар присвоено имя Героя Российской Федерации генерал-полковника Г. Н. Трошева
МБОУ «Школа 100» города Ростов-на-Дону присвоено имя Героя Российской Федерации генерал-полковника Г. Н. Трошева, во дворе школы установлен бюст